Considerado um dos mais extraordinários patrimônios naturais do Brasil, possui uma biodiversidade faunística apenas superada pela existente na Amazônia, porém apresentando maior número de indivíduos por espécies.

São mais de 650 espécies de aves (garças, tuiuiús, colhereiros, socos, saracuras), 80 de mamíferos (capivara, cervo-do-pantanal, ariranhas, onças, macacos), 260 tipos de peixes (dourado, piraputanga, piauçu, mato-grosso) e 50 de répteis (jacaré-do-pantanal, sucuri), além da grande diversidade de insetos.